细胞染色是生物显微玻片标本制作中重要的环节之一。先把破坏细胞膜的选择透过性，再使用染色剂，将生物组织浸入染色剂内，使组织细胞的某一部分染上与其他部分不同的颜色或不同的颜色，产生不同的折射率，以便观察。

    苏木精和伊红染色法。苏木精为碱性染料，将细胞质和胞质内某些结构，如龙胆紫溶液把染色体染成蓝紫色、甲基绿与DNA结合使线粒体染成蓝色。我们称这种能被苏木精染蓝的性质为嗜碱性。伊红为酸性染料，将细胞质和细胞间质，如细胞质中的RNA染成红色。我们称这种能被伊红染红的性质为嗜酸性。染色深浅可反映嗜碱性和嗜酸性强弱。若对两种染料缺乏亲和力，则称为嗜中性。有些组织成分可以显示与染料颜色不同的颜色，当用蓝色碱性染料甲苯胺进行染色时，组织中的糖胺多糖成分被染成紫红色，此种显色与染料颜色不同的现象成为异染性。

    另外，银染法也较常用。当组织块浸入硝酸银溶液中时，有的组织结构能直接把硝酸银还原，使银粒附于其上，呈棕黑色。有些结构本身对硝酸银无直接还原能力，若加入还原剂，可使硝酸银还原沉淀显色。

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